Perkarantinaan pertanian di Provinsi Jambi diawali dari posisi strategis Provinsi Jambi sebagai sentra produksi pertanian di Sumatera. Tahun 1980 awal dibentuk Unit Pelaksana Teknis yang menyelenggarakan fungsi karantina hewan, tumbuhan dan ikan. Seiring dengan perkembangan Kementerian Karantina dan Lembaga di tingkat pusat, karantina ikan tidak lagi berada di bawah Kementerian Pertanian, sedangkan karantina hewan dan karantina tumbuhan berada di bawah Badan Karantina Pertanian, Kementerian Pertanian. Kemudian, sebagai upaya efektifitas dan efisiensi organisasi, Balai Karantina Tumbuhan Kelas II Jambi bersatu dengan Stasiun Karantina Hewan Kelas II Jambi melalui Peraturan Menteri Pertania Nomor: 22/Permentan/OT.140/4/2008 pada tanggal 3 April 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Badan Karantina Pertanian, Kementerian Pertanian.